《神奇大乱斗》20年的经典和回忆——后传

小智、小光和小刚3人的旅程并非一帆风顺，他们在路途上遇上很多人和事，小智曾惨败给真司，小光也曾在2次华丽大赛的第一次审查惨遭淘汰出局。几经辛苦，小光终于集齐5枚缎带徽章，她在神奥华丽大型庆典表示出色，首次参加便晋级至决赛，但在决赛以稍微差距败于好友小望；小智亦集齐8枚徽章，他在神奥联盟有好开始，在第1回战打败尚志，第2回战打败某女路人，第3回战(16强)打败考平，8强更打败真司，可是他无法势如破竹而在准决赛惨败于达克多，4强出局。

神奥之旅随着神奥联盟结束而来到尾声，小智及小刚曾邀请小光一同前往关都地方，但小光因卷卷耳被邀请而不能前来，当天日落，小智在码头上和小光以最后一次击掌道别，与皮卡丘及小刚乘船返回关都地方。翌日日出后，小智和小刚回到关都地方，在往真新镇及尼比市的分叉路口，小智和小刚握手及互相祝福对方后正式告别。小智和皮卡丘终于看见真新镇，他们跑进返回真新镇前的最后一段路，神奥之旅正式划上句号。

讲述小智和皮卡丘踏入新的冒险舞台——合众地区，这里居住着许多他们所不知道的神奇大乱斗。当小智知道合众地区亦有宠物精灵联盟后，便马上报名和踏上新的旅程，途中更遇上艾莉丝、牙牙与天桐，新的冒险就这样开始了。而冒险随之而来的是脱胎换骨的火箭队，另外在寻找新的宠物精灵以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。

随着小智取得8个徽章,日本于2012年6月21日播放“Season 2”，讲述小智一行人于合众联盟开始前，前往东合众地区参加宠物精灵世界锦标赛青少年杯为开端的故事。后来小智在合众联盟8强出局，随后于2013年1月17日开始播出第2季的新章节“Episode N”，重新诠释因311日本大地震而未能如期播出有关的等离子队剧情。

“Episode N”结束后，于2013年4月25日播出第2季的另一新章节“杰可罗拉冒险”，故事中小智一行人离开合众地区，返回关都，期间经过杰可罗拉群岛，并在群岛展开冒险旅程。

立志成为宠物精灵大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯地区，心中怀着新的理想告别了合众地区的同伴天桐和艾莉丝，在卡洛斯地区与新认识的旅行伙伴瑟蕾娜、柠檬、尤莉卡三人和新的精灵相遇的冒险故事。